商务入台证的办理流程如下：
准备材料：
大陆申请人所需材料：
护照（照片页）：确保护照有效期足够长，一般要求在计划离开台湾地区日期后仍有 6 个月以上的有效期。
照片：2 寸白底照片，照片应符合台湾地区相关部门的要求，如尺寸、背景颜色、清晰度等。
身份证：提供身份证正反面复印件，复印件需清晰可辨。
申请书：填写商务入台申请书，申请书的内容应真实、准确、完整，包括个人信息、商务活动信息等。
在职证明：由申请人所在公司出具的在职证明，需加盖公司公章，证明申请人的职位、工作年限、薪资等信息，并说明此次商务出行的目的、时间等。
企业执照：申请人所在公司的营业执照复印件，并加盖公司公章。
行程计划书：详细的商务行程计划，包括往返日期、在台期间的商务活动安排、拜访的公司或机构等。
个人简历：详细的个人简历，包括教育背景、工作经历、专业技能等。
双方往来合同（如有）：如果大陆公司与台湾公司有业务往来，需提供相关的合同、采购单、汇款单等文件，以证明商务活动的真实性。
台湾邀请方所需材料：
台湾公司出具的邀请函：邀请函需由台湾邀请公司出具，内容应包括邀请人信息（姓名、职位、公司名称、联系方式等）、被邀请人信息（姓名、护照号码、职位、公司名称等）、商务活动的目的、时间、地点等详细信息，邀请函需使用公司抬头纸，加盖公司公章，并由负责人签字。
台湾公司的营业执照副本：台湾邀请公司的营业执照副本复印件，需加盖公司公章。
台湾公司上一年度营利事业所得税结算申报书（或其他相关财务证明文件）：用于证明台湾邀请公司的经营状况和资质。
提交申请：
委托旅行社或专业的签证代办机构办理：将准备好的材料提交给旅行社或代办机构，由他们代为向台湾地区相关部门提交申请。在选择代办机构时，要选择正规、有资质的机构，以确保申请的顺利进行。
自行申请（部分情况下适用）：如果申请人对申请流程比较熟悉，也可以自行向台湾地区相关部门的在线申请系统提交申请，但需要按照系统要求填写和上传相关材料。
审核与审批：
台湾地区相关部门会对申请材料进行审核，审核时间可能会根据申请情况而有所不同，一般需要 10-25 个工作日左右。
如果申请材料不完整或存在问题，可能会要求申请人补充材料或进行说明。
领取商务入台证：
审核通过后，申请人可以选择通过邮寄或自取的方式领取商务入台证。如果是委托代办机构办理，代办机构会将商务入台证送达申请人；如果是自行申请，申请人需要按照通知的方式领取证件。