办理日本商务签证主要有以下步骤：
准备材料：
中方申请人需准备的材料：
护照：有效期需在 6 个月以上，并且有足够的空白签证页。如有旧护照，也需一并提供。
签证申请表：填写完整并签字，申请表可在日本使领馆官网下载。
照片：通常为 1 张近期的免冠照片，尺寸为竖 4.5cm× 横 3.5cm 的白底彩照。
在职证明：需有申请人姓名、入职时间、职务、公司电话等信息，并加盖公司公章。如果是退休人员，提供退休证；学生则需提供学校开具的准假证明。
所属单位的营业执照或法人证书复印件：需加盖公司公章。如果是合资企业，还需提供所属单位的批准证书复印件。
户口簿复印件：整本户口簿的复印件（空白页除外）。如果户口不在所属领区，可能还需要提供居住证或暂住证的复印件。
日方邀请单位需准备的材料：
邀请理由书：详细说明邀请中方人员赴日的原因及目的等。
停留日程表：尽可能详细地填写在日期间的行程安排，包括每天的活动内容、访问的公司或机构、联系人及联系方式等。
身元保证书：作为邀请方的担保文件。
邀请单位的资料：如果邀请单位是已登记注册的法人，可提交法人登记簿誊本原件（发行后 3 个月以内）、《会社四季报》（最新版）的本企业部分复印件（仅限上市企业）、公司或团体的概要说明书、简介书或者宣传册等可说明邀请单位情况的概要资料中的一项；如果邀请单位未登记注册法人，提交公司或团体的概要说明书、简介书或宣传册等可说明邀请单位情况的概要资料中的一项。
选择申请途径：日本驻华领事馆及大使馆不接受个人直接递签，必须由领馆认可的旅行社、签证代理机构帮忙提交申请。您可以通过网络搜索、朋友推荐等方式选择可靠的代办机构，并向其咨询具体的办理要求和流程。
递交申请并缴费：将准备好的申请材料递交给所选的代办机构，同时缴纳签证申请费用。商务签证的费用可能会因代办机构和具体情况而有所不同。
等待审批：提交申请后，需要等待日本使领馆进行审批。一般情况下，正常办理时间为 4 到 6 个工作日，但在旅游旺季、申请人数较多或材料有疑问等情况下，审批时间可能会延长。
领取签证：如果签证申请获得批准，您可以根据代办机构的通知，前往指定地点领取护照及签证，或者选择通过邮寄方式收到护照及签证。