办理日本个人旅游签证主要有以下步骤：
确认领区：
日本签证申请需根据申请人的居住地来确定所属领区。比如，您的户籍所在地、工作地或常住地在哪个区域，就向该区域对应的日本使领馆或其指定的签证申请中心提交申请。日本在中国的主要领区划分如下：
日本驻华大使馆：受理北京市、天津市、陕西省、山西省、甘肃省、河南省、河北省、湖北省、湖南省、青海省、新疆维吾尔自治区、宁夏回族自治区、西藏自治区、内蒙古自治区的签证申请。
日本驻上海总领事馆：受理上海市、安徽省、浙江省、江苏省、江西省的签证申请。
日本驻广州总领事馆：受理广东省、海南省、福建省、广西壮族自治区的签证申请。
日本驻沈阳总领事馆：受理辽宁省（除大连市）、吉林省、黑龙江省的签证申请。
日本常驻大连领事办公室：受理大连市的签证申请。
日本驻重庆总领事馆：受理重庆市、四川省、贵州省、云南省的签证申请。
日本驻青岛总领事馆：受理山东省的签证申请。
日本驻香港总领事馆：受理香港特别行政区、澳门特别行政区的签证申请。
准备材料：不同领区、不同旅行社对于申请材料的要求可能会略有差异，但一般来说需要以下材料：
基础材料：
护照：有效期至少还有 6 个月以上，并且有足够的空白签证页。若换发过护照，需提供旧护照原件；若遗失，需提供遗失说明。
照片：通常为两张 2 寸半年内拍摄的白底彩照。
身份证复印件：正反双面需印在同一张纸上。
户口本复印件：整本户口本复印件（除空白页），集体户口只需提供本人页复印件。
签证申请表：填写完整并双面打印。
个人信息同意处理书。
经济能力证明材料（根据不同情况提供）：
在职人员：
在职证明：需盖公司公章或财务章或人力资源章，注明申请人的职位、年薪等信息。如果申请人本人是法人代表，需请企业人事负责人签名。
近 6 个月的银行工资明细单（需银行盖章），或近一年的个人所得税纳税申报单（需税务局盖章），或近一年的个人完税证明原件（需税务局盖章，并在空白处批注年薪）。
自由职业者或退休人员等：可提供银行存款证明（建议金额根据不同领区要求而定，一般需冻结至归国后一段时间）、房产证复印件（标注房产市值）、车辆行驶证复印件等，以证明自己有足够的经济实力支付旅行费用。
其他辅助材料（非必需，可根据实际情况提供）：
机票和酒店预订单：部分旅行社要求提供由旅行社代为办理则不必提供。不过，建议您在签证未出签前，不要提前购买机票和支付酒店全款，以免因签证问题导致损失。
行程计划：详细的在日旅行行程安排，包括每天的游玩景点、住宿地点等，有助于签证官了解您的旅行目的和计划。
选择申请途径：
日本驻华领事馆及大使馆暂时不接受个人递签，必须由领馆认可的旅行社或者签证代理机构帮忙提交申请。您可以通过网络搜索、朋友推荐等方式选择可靠的旅行社或代理机构，并按照他们的要求提交材料和办理相关手续。
递交申请并缴费：
将准备好的申请材料递交给所选的旅行社或代理机构，同时缴纳签证申请费用。签证费用一般在 200 元至 500 元人民币之间，具体费用可能因签证类型、领区等因素而有所不同。
等待审批：
提交申请后，需要等待日本使领馆进行审批。一般情况下，办理时间为 8 至 10 个工作日，但在旅游旺季或申请人数较多时，审批时间可能会延长。如果申请材料存在问题或需要补充材料，使领馆会通知申请人或代理机构，申请人需及时配合提供相关材料。
领取签证：
如果签证申请获得批准，您可以根据旅行社或代理机构的通知，前往指定地点领取护照及签证，或者选择通过邮寄方式收到护照及签证。