去日本出差办理商务签证，一般流程如下：
准备材料：
中方材料：
护照：有效期至少还有 6 个月以上，并且有足够的空白页。
签证申请表：在日本驻您所在国家的大使馆或领事馆的官方网站上下载并填写。
照片：提供两张近期彩色护照照片，尺寸为 45mm×45mm，背景为白色。
公司证明信：由您所在公司出具的证明信，证明您的职位、工作内容以及出差目的。信笺纸须有单位电话、传真、地址，加盖单位公章，单位负责人签名确认。
营业执照副本的复印件：需加盖公章（国家政府机构、事业单位提供机构代码证复印件）。如果是分支结构只要提供营业执照正本的复印件。
银行对账单：提供近三个月的银行对账单，以证明您有足够的资金支付在日本的费用。
日方材料：
出差邀请函：由日本公司或机构出具的出差邀请函，其中包括您的个人信息、出差目的、行程安排以及由日本公司或机构承担费用的证明。
身元保证书：保证人的名字一定要在 “法人登记簿誊本” 或者 “会社四季报” 或者 “团体概要说明书” 或 “简介” 上，保证书上一定要有公司公章。
招聘理由书：说明邀请您去日本进行商务活动的理由。
滞在予定表：详细的在日停留日程安排。
法人登记簿誊本、会社四季报、团体概要说明书、简介等：可证明邀请单位情况的资料。
预约面试：根据日本驻您所在国家的大使馆或领事馆的要求，预约签证面试时间。部分地区的使领馆可能不需要面试，但建议提前了解清楚。
递交申请：按照预约时间前往签证中心进行面试（若有要求），提交申请材料并进行指纹采集。
缴费：根据要求缴纳签证费用。
等待审批：提交申请后，需要等待一段时间进行审批。正常办理时间通常为 4 到 6 个工作日，但如果申请材料不完整或存在疑问，使领馆可能需要更长时间来审核或要求补充材料。在旅游旺季或节假日前后，由于申请人数增多，办理时间可能会相应延长。
领取签证：如果申请获批，您将收到一张签证贴在护照上的通知。您可以前往签证中心领取护照，也可以选择邮寄方式获取护照。
需要注意的是，日本签证的申请流程可能因不同国家和地区而有所不同，建议您在办理签证前，务必查阅日本驻您所在国家的大使馆或领事馆的官方网站，了解最新的办理要求和流程。