日本电子签证的办理流程如下：
选择申请途径：
通过指定送签社办理（中国大陆居民）：日本驻华大使馆实行电子签后，中国大陆居民暂时还不能自行申请，需通过指定送签社送签。
在线申请（部分国家和地区居民）：部分国家和地区的人士可在线申请，如巴西、柬埔寨、加拿大等（具体国家和地区可查看日本政府相关规定）。
注册账号：
如果是通过指定送签社办理，送签社会进行相关操作；如果是在线申请，需进入日本电子签证官方申请网站（如 https://www.evisa.mofa.go.jp/index），点击 “创建新账户” 注册电子签证账户。填写邮箱地址，选择国籍以及目前实际居住地等信息后完成注册，注册邮箱将收到包含完成注册信息的电子邮件，点击邮件中的链接继续完成注册。
填写申请表：
进入账号后点击 “新的申请”，在签证申请网站上输入自己的国籍和居住地，页面右侧会出现所需的申请材料清单。
在线填写申请表，内容包含基本信息（如姓名、性别、出生日期、护照号码等）、旅行信息（如入境日期、停留时间、行程安排等）、地址、个人信息、申请文件等。
上传材料：
按照要求上传清单上所示的文件。电子签申请材料和线下申请准备的材料基本相同，但不同领区和个人情况可能会有细微差异。常见的材料包括：
基础材料：有效期 6 个月以上的护照、符合要求的照片（一般为 6 个月内拍摄的白底 2 寸照片）、户口本复印件等。
经济材料：例如年收入 10 万以上的在职证明、营业执照、工资流水三个月；年收入不足 10 万的在职人员需提供在职证明、工资流水原件及五万存款证明冻结 90 天等（具体要求根据个人情况而定）。
其他材料：如果是商务旅行，可能需要提供正式的邀请信；如果是探亲访友，需要提供亲属关系证明等。
等待审核：申请提交后，一般需要 5 个工作日左右进行审核。签证申请结果会发送到注册邮箱中。
缴纳费用：
如果申请通过审核，会收到缴费信息邮件。目前除了英国和新加坡能在线支付外，其余的大多需要申请人前往当地使领馆缴费（具体缴费方式以邮件通知和当地要求为准）。
接收电子签证：缴费完成后，将签发电子签证。申请人会收到一封包含电子签证文件的电子邮件。收到后应立即扫码，核对签证信息是否无误。建议保存电子版通知书，并打印一份放在护照里，以备入境时使用。