日本商务签证的办理流程如下：
准备材料：
中方申请人需准备的材料：
护照：有效期需在 6 个月以上，且有足够的空白签证页。若有旧护照，也需一并提供。
签证申请表：可登录日本驻华使领馆官方网站下载，填写时务必确保信息准确、完整。部分信息可能需要日方提供。
照片：通常为 1 张或 2 张，尺寸为长 4.5cm、宽 3.5cm 的白底证件照，照片需为近 3 个月内拍摄。
身份证复印件：需提供本人身份证的正反面复印件。
户口簿复印件：提供户口簿上所有家庭成员信息页的复印件。
在职证明：由申请人所在单位开具，证明中需包含申请人的姓名、入职时间、职务、公司电话等信息，并加盖公司公章。
所属单位的营业执照复印件：若申请人所在单位为企业，需提供营业执照副本的复印件；若为事业单位或其他机构，需提供相应的法人证书复印件。若是合资企业，还需提供所属单位的批准证书复印件。
其他可能需要的材料：根据具体情况，使领馆可能要求申请人提供其他材料，如暂住证或居住证（户籍不在使领馆管辖区域内的申请人）、申请人半年的社保资料等。
日方邀请单位需准备的材料：
邀请理由书：详细说明邀请中方人员赴日的原因、目的、行程安排等。
停留日程表：制定在日期间的具体行程计划，包括访问的地点、时间、活动内容等，尽可能详细。
身元保证书：作为日方邀请单位对中方申请人在日期间的行为和费用担保。以业务为目的，且邀请人为日本政府省厅、国家独立行政法人的研究机关的课长级别以上或大学教授、副教授级别以上的人员时，或者申请人持因公护照时，可以省略。
邀请单位的资料：
已登记注册法人的单位，可提交法人登记簿誊本原件（发行后 3 个月以内）、《会社四季报》（最新版）的本企业部分复印件（仅限上市企业）、公司或团体的概要说明书、简介书或者宣传册等可说明邀请单位情况的概要资料中的任意一项。
未登记注册法人的单位，提交公司或团体的概要说明书、简介书或宣传册等可说明邀请单位情况的概要资料中的任意一项。
选择申请方式：
日本签证无论是旅游签还是商务签都需要通过日本大使馆指定的代理机构办理，不接受个人申请。您可以登录日本驻华大使馆官网查询指定的代理机构名单，然后联系代理机构，按照其要求提交申请材料并缴纳相关费用。
递交申请：将准备好的申请材料提交给代理机构，代理机构会对材料进行初步审核，如有问题会及时通知申请人补充或修改。
审核与审批：代理机构将申请材料递交至日本使领馆后，使领馆会对申请进行审核。审核时间可能会因申请人数、材料的完整性和真实性等因素而有所不同，一般正常办理时间为 4 到 6 个工作日，加急办理时间会更短，但具体时长取决于使领馆的具体情况。
领取签证：审核通过后，您可以根据代理机构的通知，前往指定地点领取签证，或者选择邮寄方式获取签证。
需要注意的是，在申请过程中，务必确保所提供的材料真实、完整、准确，否则可能会导致签证申请被拒。