商务港澳通行证的办理流程如下：
准备材料：
基本材料：
填写完整的《中国公民出入境证件申请表》。可以在当地公安机关出入境管理部门领取或在其官方网站上下载打印填写。
本人的居民身份证及复印件。如果身份证丢失或过期，需要及时补办或使用临时身份证；如果是定居国外的中国公民，需提交有效中国护照或其他替代护照的证件、定居外国的证明以及所在企业、机构工作证明的复印件，并交验原件。
本人近期正面免冠蓝底彩色照片（规格一般为 48mm×33mm）及照片回执。建议直接在办证大厅指定照相馆拍摄证件照，以确保照片符合标准。
其他材料（根据自身情况提供）：
如果是已办理登记备案的单位人员，需提交登记备案证明原件与复印件以及单位派遣函。
未办理登记备案的单位人员，要交验工商营业执照副本或者有关登记证书、单位为其购买的一定期限（例如 6 个月以上）至今的社会保险缴费证明（法定代表人、股东除外），并提交复印件以及单位派遣函。
个体工商户经营者需交验工商营业执照副本原件与复印件以及单位派遣函。
属于登记备案国家工作人员的，应当提交本人所属单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的《关于同意___申办出入境证件的函》，并明确前往地及次数。
在线预约（部分地区需要）：一些地方的公安机关出入境管理部门提供了在线预约办理商务港澳通行证的服务。您可以登录当地出入境管理部门的官方网站或相关政务服务平台，按照指引进行预约。预约成功后，按照预约时间前往指定地点办理。
窗口办理：
提交申请：携带准备好的材料，前往当地公安机关出入境管理部门的办事窗口提交申请。工作人员会对申请材料进行初步审核，如果材料不齐全或不符合要求，会告知您需要补正的内容。
窗口受理：材料齐全且符合法定形式的，窗口工作人员会受理申请，并出具《因私出境证件受理回执》。
缴纳费用：根据规定缴纳办理商务港澳通行证的费用，一般包括证件工本费和签注费用。往来港澳通行证的工本费为 60 元 / 证；一次有效签注 15 元 / 件；多次有效签注 80 元 / 件。
审批签发：公安机关出入境管理部门会对申请进行审批。审批通过后，会按照您选择的领取方式发放商务港澳通行证。您可以选择自行前往办事窗口领取，或者通过邮政快递服务领取。
需要注意的是，商务港澳通行证的办理可能因地区而异，具体的办理流程和要求可能会有所不同。建议您在办理前，先咨询当地的公安机关出入境管理部门，了解详细的办理信息。