台湾商务签注的办理流程如下：
准备材料：
申请表：填写完整的《中国公民出入境证件申请表》。
照片：符合《出入境证件相片照相指引》的申请人照片。
身份证明：
申请人居民身份证原件。不满 16 周岁未办理居民身份证的可交验居民户口簿；现役的人民解放军军人、人民武装警察交验军人身份证明（军官证、士兵证或者警官证）。
在非常住户口所在地申请的，还须按照国家移民管理局有关规定，提交符合在非常住户口所在地申请条件的证明材料（按规定向指定受理机构申请的情形除外）。
登记备案的国家工作人员、军人，应当提交本人所属单位或者上级主管单位按照干部管理权限出具的同意其办理出入境证件的函件，但持 “赴台批件” 申请赴台的除外。
未满 16 周岁的申请人，还应交验监护关系证明（出生证明、户口簿等），交验监护人居民身份证原件；监护人委托他人陪同的，还须提交监护人委托书，交验被委托人的居民身份证原件。
往来台湾通行证：如果是首次申请签注，需先办理往来台湾通行证；已有通行证的，需提供有效通行证。
商务相关证明材料：国务院台办或经授权的省、自治区、直辖市台办的 “赴台立项批复” 原件，或经受理地省、自治区、直辖市台办确认的复印件。
提交申请：申请人前往户籍所在地或居住地的县级以上公安机关出入境管理机构提交申请材料。部分地区已开通网上申请预审服务，申请人可先在网上提交申请材料进行预审，预审通过后再到现场提交纸质材料。
窗口受理：出入境管理机构窗口工作人员对申请材料进行审核，确认材料齐全、符合要求后予以受理，并收取相关费用。如果申请材料不齐全或不符合法定形式，工作人员会当场告知需要补正的全部内容，并出具一次性补齐补正告知书。
审批签发：市级公安机关出入境管理部门对申请进行核查审批。经授权的县级以上公安机关出入境管理部门负责制证发证。
领取证件：证件制作完成后，申请人可以选择到出入境管理机构窗口领取，或者根据自己的需求选择邮寄送达。
办理时限一般为 7 个工作日左右，但具体时间可能因地区、申请情况等因素有所不同。另外，办理商务签注前，建议提前了解台湾地区的相关商务活动规定和入境要求，确保行程顺利。