日本自由行旅游签证的办理流程如下：
确定签证类型
根据旅行计划和停留时间，确定申请单次签证还是多次签证。单次签证适合偶尔前往日本旅游的游客，多次签证则适合经常赴日的人士。
准备材料
基本材料：
有效期至少 6 个月以上的护照，若换发过护照请提供旧护照原件，若遗失需提供遗失说明，老版护照在第 7-47 页范围内（电子护照在第 8-45 页范围内）至少留有 2 页空白签证页，护照末页需本人用中文签名（电子护照除外）。
2 张 4.5cm×4.5cm 的半年内拍摄的白底彩照。
身份证复印件（正反双面需印在同一张纸上）。
签证申请表（双面打印）、个人信息同意处理书。
资产证明材料：
税前年收入 10 万以上者，以下材料至少选一样提供（可以是本人或直系亲属名下的，提交越多对签证办理越有利）：在职证明（需盖公司公章或财务章或人力资源章）；近 6 个月的银行出具的工资明细单（需银行盖章）；近一年的个人所得税纳税申报单（需税务局盖章）；近一年的个人完税证明原件（在空白处批注年薪，需税务局盖章）。
税前年收入 7-10 万者，需提供近 6 个月的银行出具的工资明细（银行盖章）以及至少 40 万的存款证明原件（需冻结至归国后 3 个月）与房产证复印件（请在复印件上标注出房产的市值）。如提交他人名下的，须同时提交两人的关系证明。
其他材料：机票和酒店预订单；如果单独出行，需要填写单独申请理由书；部分旅行社可能需要提供资金担保函或担保金。
选择代办机构
由于日本使馆不接受个人申请，必须通过日方指定的代办机构办理，如选择有资质的旅行社、签证代办中心等。可通过日本驻华使领馆官方网站查询指定代办机构名单。
递交申请
将准备好的材料提交给选定的代理机构，缴纳签证费和签证服务费。部分代理机构可能要求先进行在线预约，按照预约时间前往指定地点递交材料。
等候审核
等待签证申请审核，期间可能需要补充资料。审核时间一般为 3-5 个工作日，具体时间因个人情况和申请季节等因素有所不同。
领取签证
签证申请通过后，可选择邮寄或自行前往代理机构领取签证。拿到签证后，应及时仔细核对签证上的各项信息是否正确，如发现任何错误，应及时与使领馆联系。