如果在日本入境过期，以下是一些建议和可能的处理方式：
立即联系相关机构：尽快联系日本当地的移民局或警察局，如实说明入境过期的情况并请求协助。不要试图躲避或隐瞒，主动沟通是解决问题的关键。
准备相关材料：一般需要准备护照、原签证、入境记录等能证明身份和入境情况的材料。如果有其他相关的证明文件，如住宿证明、行程安排、因特殊原因导致过期的证明（如突发疾病的医疗证明）等，也一并准备好，以便在申请延期或说明情况时提供有力依据。
说明原因：向移民局或警察局详细、诚实地说明入境过期的原因。例如，可能是因为意外情况，如突发疾病、航班取消或其他不可抗力因素导致无法按时离境；或者是因为个人疏忽等原因。清晰合理的解释有助于争取对方的理解和宽容。
申请延期：根据日本移民局的要求，填写延期申请表，提交延期申请。申请时要明确表达自己希望合法停留的意愿，并按照要求提供相关材料。不过，延期申请并不一定能保证获得批准，审批结果由日本移民局根据具体情况决定。
等待审批：提交申请后，需要耐心等待移民局的审批结果。审批时间可能因各种因素而异，在等待期间要严格遵守日本当地的法律法规，不要擅自离开指定的住所或从事其他违法活动，以免导致更严重的后果。
接受可能的处罚：如果延期申请被拒绝，或者入境过期情况较为严重，可能需要接受相应的处罚，如罚款、强制遣返等。罚款金额根据逾期时间长短有所不同，一般逾期不到 3 个月，可能会被处以最高 20 万日元的罚款，逾期超过 3 个月则可能面临最高 30 万日元的罚款以及刑事指控，包括最高 1 年的监禁。同时，还可能会被列入日本的入境黑名单，影响未来再次进入日本。
咨询专业人士：如果对处理流程不熟悉，或者不确定如何应对，可以咨询专业的律师或移民顾问。他们具有相关的法律知识和经验，能够提供更准确的建议和指导，帮助你尽量减少损失和不良影响。
需要注意的是，不同情况的处理方式可能有所不同，要根据自身的实际情况，及时、妥善地采取相应措施，以避免给自己带来不必要的麻烦和法律风险。